Pozycję ustrójowoprawną organu zdekoncentrowanego charakteryzuje hierarchiczne podporządkowanie, realizowane za pomocą określonych prawnie środków kierowania, generalnych i indywidualnych, a także na podstawie prawa substytucji, tj. przejęcia przez organ zwierzchni i rozstrzygnięcia sprawy rozpatrywanej przez organ niższy. Organ zwierzchni może korzystać (i w praktyce korzysta, na skutek ogólnikowych regulacji prawnych) ze znacznej swobody w kierowaniu organem podporządkowanym: bądź nie wkracza w sferę działania organów niższych bądź czyni to wyjątkowo, gdy uzna, że konieczna jest jego ingerencja. W paradoksalny sposób w ramach tej swobody organ podporządkowany może korzystać z faktycznej samodzielności działania. Jest to jednak samodzielność działania ograniczona zawsze prawnie określoną zależnością organizacyjną wobec organu sprawującego przełożeństwo służbowe, a nadto samodzielność ta nie jest objęta żadnymi środkami prawnymi jej ochrony. W doktrynie nie jest podnoszona bezpośrednio kwestia odpowiedzialności organu podporządkowanego za wykonanie zdekoncentrowanych kompetencji (innymi słowy, czy organ nadrzędny ponosi odpowiedzialność za przekazane kompetencje).